1.麻醉
通常選擇下牙槽神經、舌神經、頰長神經一次性阻滯麻醉。為減少出血、保證術野清晰和方便操作，可在阻生牙頰側及遠中浸潤注射含血管收縮劑(腎上腺素)的麻醉藥物。
2.切口
高位阻生一般不須切開，或僅在遠中切開、分離牙齦即可;中低位阻生最好選用袋形瓣切口，也可選用三角瓣切口。阻生牙若埋藏很深，也可選用三角瓣切口。
下頜阻生第三磨牙的遠中磨牙后墊區舌側有一下頜血管分支經過，該分支通常不越過中線，舌神經位于阻生牙舌側黏膜下，如果遠中切口偏舌側，可能會切斷該血管而導致術中出血多，還可能損傷舌神經，因而遠中手術切口一定要偏頰側，基本上是第二磨牙頰側牙齦溝切口的延伸。對局部存在感染的病例，應徹底沖洗盲袋，切開后還須對術區進一步沖洗。
3.翻瓣
從切口前端開始旋轉分離齦乳頭，沿牙槽嵴表面向后推進，確保組織瓣全層分離，如因未完全切開而致分離困難，應再次切開，避免強行剝離引起組織撕裂。其范圍原則上以顯露術區即可，頰側不超過外斜嵴，舌側不越過牙槽嵴。
組織瓣翻得越大，術后腫脹、出血越嚴重，因而翻瓣范圍應適當，能保證足夠的視野且不影響操作即可，切口長度以翻瓣后能適當暴露患牙頰側和遠中骨面即可;對于初學者，翻瓣設計要稍大，以免因技術不夠熟練而引起過大損傷或因視野不夠而導致患牙拔除困難。
4.去骨
去除全部牙合面和部分頰側、遠中的牙槽骨。一般原則：顯露牙冠最大周徑;盡量保持頰側皮質骨高度;根據拔除難度及切割牙冠方式確定去骨量。為保持牙槽骨高度，頰側及遠中去骨時可僅磨除貼近患牙的部分。為保護舌神經、第二磨牙及其牙周骨質，原則上不去除舌側及近中牙槽骨，遠中不超中線，將分離器置于遠中骨板周圍進行保護。
去骨時先確定最小的去骨量，一般垂直阻生去骨或增隙須達牙冠外形高點以下;水平和近中阻生應達近中頰溝之下，以便分切牙冠;遠中阻生至遠中牙頸部以下，以便消除遠中阻力。
5.增隙
在患牙的頰側和遠中骨壁磨出溝槽，將磨出的溝槽作為牙挺的支點。溝槽寬度約2mm。增隙時，將牙鉆與牙體長軸平行，在患牙表面去骨磨出一小溝，從小溝開始向近遠中磨除患牙頰側和(或)遠中表面骨質，將患牙和骨壁分離，溝的深度達牙頸部以下(通常與切割鉆的長度相當，不會影響頜骨的機械強度)，注意不要傷及下牙槽神經管。
6.分切患牙
包括截冠和分根。其目的是解除鄰牙阻力、減小根部骨阻力。常用方法為用鉆從患牙牙冠頰側正中向舌側進行縱向切割達根分叉以下，將牙分成近、遠中兩部分(為保護舌側軟組織及舌神經，通常切割至余留患牙舌側少部分牙體組織即可)。近中部分仍存在鄰牙時，可在近中部分釉牙骨質界處做一橫斷切割，將其分割為牙冠和牙根兩部分先后取出。多根牙可將其牙根分割成單根后再分別挺出。
7.拔出患牙
在完全解除鄰牙阻力、基本解除骨阻力后，選擇合適的牙挺，將患牙分割后的各個部分挺松或挺出，挺松部分用牙鉗將其拔除。切忌使用暴力，應注意保護鄰牙及骨組織，以免造成舌側骨板、相鄰第二磨牙、下頜骨的損傷或患牙移位。應將分割拔出的患牙牙體組織進行拼對，檢查其完整性，如有較大缺損，應仔細檢查拔牙窩，避免遺留。
8.處理拔牙窩
使用生理鹽水對拔牙窩進行清洗和(或)用強吸方法徹底清理碎片，可用刮匙刮除粘連軟組織的碎片，但不能過度搔刮牙槽窩，以免影響愈合。對于肉芽組織，如探查為脆弱松軟、易出血的炎性肉芽組織，應予以刮除；如探查為韌性、致密的纖維結締組織，則對愈合有利，不必刮除。應去除包繞牙冠的牙囊，以免形成殘余囊腫。壓迫復位擴大的牙槽窩，修整銳利骨緣，取出游離折斷骨片。為預防出血，可在拔牙窩內放入膠質海綿1～2塊。
9.縫合
縫合不宜過于嚴密，通常第二磨牙遠中處可以不縫，這樣既可達到縫合目的，又可使傷口內的出血和反應性產物得以引流，從而減輕術后腫脹和血腫的形成。縫合時，先縫合組織瓣的解剖標志點，如切口的切角和牙齦乳頭，這樣可以避免縫合時組織瓣移位。縫合完成后用消毒棉卷覆蓋拔牙創并囑患者咬緊加壓止血。
術后醫囑：同一般牙拔除術。由于下頜阻生牙拔除損傷較大，術后可適當使用抗生素和止痛藥。
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